スカイマークの航空機で利用できる空港は、国内は北から、旭川、新千歳、茨城、成田、羽田、名古屋、神戸、北九州、福岡、熊本、名古屋、鹿児島、奄美、那覇、宮古島です。
国内線の便は、例えば成田空港からは、新千歳、旭川、那覇の3空港。
羽田からはそれに加えて神戸、長崎、福岡、熊本、鹿児島、那覇の9空港。
茨城空港からは新千歳と神戸の2空港他、それぞれの空港からそれぞれの空港へとダイレクトで全ての便が運行されているわけではありません。
航空料金はそれぞれ通常の料金の他にも、「前割」と呼ばれる、搭乗の数日前に予約するとお得な料金プランがあり「前割り1」（前日まで予約）から、「前割10」（搭乗の10日前までに予約）の設定があります。
さらに「WEB割」は、WEBサイトや携帯などのモバイルサイト、旅行代理店での取り扱いの割引プランで、これも「WEB割1」（前日まで予約）から、「WEB割21」まで揃っています。
当日の28日前までの予約で利用できる「WEBバーゲン」もあるので旅行の際は賢く利用して下さい。